PT. Molmod Jaya Sejahtera
Didirikan pada Maret 2023, PT. Molmod Jaya Sejahtera (molmod.id) adalah sebuah badan usaha berkedudukan di Yogyakarta Indonesia, dengan visi menjadi institusi rujukan nasional dan internasional untuk pengembangan dan pemanfaatan akal imitasi (AI) di bidang penemuan dan pengembangan senyawa bioaktif untuk tujuan pengobatan dan terapi.
Kembali ke Beranda (Back to Home)Layanan Komputasi Awan untuk Simulasi Protein (Platform as a Service/Cloud Protein Simulator) atau CPS ini merupakan layanan tambahan (add-ons) bagi anggota Molmod-Pro maupun Molmod-RG. Layanan ini memanfaatkan akses molmod.id ke 3 infrastruktur komputasi awan, yaitu: (a) CPS dengan 4-32 CPU, 1 GPU NVIDIA L4, dan 16-128 GB RAM dengan sistem operasi Ubuntu 20.04 LTS; (b) CPS dengan 4-32 CPU, 1 GPU NVIDIA L4, dan 16-128 GB RAM dengan sistem operasi Ubuntu 24.04 LTS; dan (c) CPS dengan 4-96 CPU dan 16-128 GB RAM dengan sistem operasi Ubuntu 24.04 LTS.
CPS-CPS tersebut dilengkapi dengan software yang umum untuk simulasi protein, antara lain Amber, Gromacs, YASARA-Structure, AutoDock Vina, dan PyPLIF HIPPOS. Oleh karena itu, CPS-CPS ini siap untuk dimanfaatkan dalam simulasi penemuan dan desain senyawa bioaktif berbantuan komputer/AI. Diketahui bahwa akses ke infrastruktur yang siap pakai di Indonesia ini bukanlah hal yang mudah. Molmod.id menyediakan infrastruktur sekaligus konsultan teknis yang akan membantu anggota Molmod-Pro maupun Molmod-RG, sehingga anggota Molmod-Pro maupun Molmod-RG dapat fokus pada preparasi input file dan analisis hasil. Hasil percobaan internal, infrastruktur (a) ini menyelesaikan 5 kali replikasi simulasi dinamika molekul kompleks asetilkolinesterase-huprine X (1e66.pdb) menggunakan YASARA-Structure dengan masing-masing replikasi terdiri dari 5 ns equilibrium run dan 10 ns production run hanya dalam waktu sekitar 36 jam.
Penggunaan layanan ini didampingi oleh konsultan teknis yang akan membantu mengunggah sistem siap disimulasikan ke infrastruktur dari server ftp klien, menjalankan simulasi, zip hasil simulasi, dan mengunduh hasil simulasi ke ftp klien. Biaya layanan dihitung hanya dari jumlah jam simulasi (dibulatkan ke atas) dengan biaya per jam adalah Rp. 125.000,-. Biaya tidak dihitung saat CPS pada kondisi off tidak digunakan simulasi untuk kepentingan klien. Pengguna layanan dapat membeli voucer penggunaan CPS sebesar Rp. 3.000.000,- untuk 24 jam simulasi; Rp. 14.000.000,- untuk 120 jam simulasi; dan Rp. 27.000.000,- untuk 240 jam simulasi. Konsultan teknis akan memberi estimasi waktu simulasi dan prediksi biaya yang diperlukan setelah simulasi berjalan sekitar 30 menit.
Adapun kebutuhan layanan ini disampaikan melalui WhatsApp admin Molmod-Pro maupun pada grup WhatsApp ekslusif Molmod-RG, serta pada sesi diskusi daring. Jika layanan ini menggunakan software dengan lisensi berbayar, misal YASARA-Structure, maka biaya lisensi akan dibebankan pada klien.